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首次运行：从零开始

你要完成什么

这页假设你没有使用过 4D Flow MRI 软件。目标不是立刻得到“漂亮的图”，而是先建立一个可解释的最小闭环：安装 → 打开数据 → 确认几何和单位 → 准备分割 → 生成中心线和截面 → 审阅输出。

1. 安装

在项目根目录创建或激活一个 Python 环境。GUI、自动分割和测试建议使用完整安装：

pip install -e ".[gui,test]"

只做 CLI 批处理时可以使用：

pip install -e "."

如果需要外部 SpatioTemporal Labeler：

git submodule update --init --recursive
pip install -e ".[gui,labeler]"

安装后应能看到两个命令：

autoflow-run --help
autoflow-gui --help

2. 先区分三个概念

概念 医学用户可以怎样理解 AutoFlow 中的作用
mag / magnitude 解剖结构和信号强度图 检查覆盖范围、构造 PC-MRA、辅助分割
flow / velocity 每个体素的三方向速度信息 流量、速度、WSS、压力、流线等分析
seg / segmentation 你希望纳入分析的血管区域 限定骨架、路径、截面和指标的空间范围

corr 是背景相位校正缓存，不是“另一张分割图”。它用于估计并去除静止组织带来的速度偏置。没有它并不意味着数据不能打开，但冷启动分析通常应该明确运行校正并记录参数。

3. 选择入口

autoflow-gui --config-dir ./configs

推荐顺序：

  1. File > Open H5 或 File > Import DICOM Directory。
  2. 在 Input & QC 检查空间方向、分辨率、VENC、心动周期和时间帧数。
  3. 若没有 corr，在校正步骤中选择是否运行背景相位校正。
  4. 打开 Segmentation 工作区，导入、阈值生成、自动生成或手动修订掩膜。
  5. 运行 Skeleton、Graph/Paths 和 Planes，确认中心线没有穿出血管。
  6. 在 Hemodynamics 选择需要的指标，最后查看 Review & Export。

最小命令：

autoflow-run /path/to/case.h5 --output-dir ./results/case

冷启动、显式要求背景相位校正和自动分割：

autoflow-run /path/to/case.h5 \
  --output-dir ./results/case \
  --bgc \
  --autoseg \
  --with pwv,wss,pg,vortex \
  --video plane,wss,pg

建议：第一次先不要加所有派生指标。先确认 segmentation、skeleton 和 planes，避免把几何问题与压力/WSS 等计算问题混在一起。

from autoflow import AutoFlowConfig, run_batch

config = AutoFlowConfig(
    inputs=["/path/to/case.h5"],
    output_dir="./results/case",
    background_phase_correction=True,
    autoseg=True,
)
results, last_case_output = run_batch(config)

4. 第一次检查什么

不要只看最终数值，至少检查：

  • 方向：左右、前后、头脚方向是否和你的阅片习惯一致；显示方向和数据坐标是两个概念。
  • 分辨率：Resolution 是否以 mm 表示，是否被正确读取；压力和 WSS 对空间尺度很敏感。
  • VENC：三个速度编码方向是否合理；VENC 错误会直接影响速度量级。
  • 分割：分割是否覆盖目标血管，是否包含不想分析的分支或断裂。
  • 时间：心动周期 RR 和 phase 数是否真实；时间间隔会影响加速度、PWV 和视频。
  • 缓存：首次冷启动时，输出日志和 summary.json 应能说明是否运行了校正和分割。

5. 下一步