输入与输出¶
软件最少需要什么¶
AutoFlow 会把输入统一成 mag、flow、resolution、origin、venc 和 rr。分割、背景校正、sigma 和 TKE 都是可选能力。
| 输入类型 | 必需数据 | 常见形状 | 说明 |
|---|---|---|---|
| legacy complex H5 | img_complex 或 complex img、Resolution、VENC、RR |
(X,Y,Z,T,4) |
通道 0 是 magnitude，通道 1–3 是速度编码 |
| normalized H5 | mag、flow、Resolution、Origin、VENC、RR |
mag=(X,Y,Z,T)、flow=(X,Y,Z,T,3) |
上游已解码时推荐 |
real img |
img 和元数据 |
(X,Y,Z,T,4) 或 channel-first |
按 magnitude + 三个 flow 分量解释 |
| dual-VENC complex H5 | 7 通道 complex img_complex 和 VENCOrder |
(X,Y,Z,T,7) |
两组三方向编码会被配对重建 |
| DICOM 目录 | 可读的速度/幅度序列和 DICOM 几何 | 由厂商决定 | 扫描目录并自动解析病例 |
加载器会对常见字段名不区分大小写，也能从 H5 的嵌套 group 中识别病例；同一文件中多个可识别 group 可以生成多个 case。
complex image 怎么解释¶
img_complex[..., 0] -> magnitude 参考
img_complex[..., 1] -> 速度编码分量 1
img_complex[..., 2] -> 速度编码分量 2
img_complex[..., 3] -> 速度编码分量 3
复数通道本身还不是最终的带符号速度场。AutoFlow 使用 VENC 和 VENCOrder 统一速度分量，并生成标准三分量 flow。
normalized mag + flow¶
flow 的最后一维是三个速度分量。物理单位必须和上游转换过程及元数据一致，不能根据 .h5 扩展名猜单位。
元数据¶
| 字段 | 医学/工程含义 | 为什么重要 |
|---|---|---|
Resolution |
三个体素间距，通常为 mm | 把 voxel 换算成物理距离，影响面积和梯度 |
Origin |
体数据原点 | 将数组坐标映射到世界坐标 |
SpatialOrder |
FH、RL、AP 等标签 |
统一空间轴和方向符号 |
VENC |
一个或三个速度编码上限 | 决定速度标尺和 dual-VENC 配对 |
VENCOrder |
速度编码分量标签 | 把通道映射到标准分量 |
RR |
R-R 间期，常见单位为 ms | 计算 phase 时间间隔 |
三元数据可以是一维数组、单行或单列；字段名大小写不敏感，下划线和连字符也能被容忍。
可选字段与能力¶
segmask、segmentation或seg：存在时可作为内嵌活动分割。corr，或 dual-VENC 的corr_low/corr_high：可复用的背景相位校正。- complex 输入可能提供 TKE 路径所需的 sigma 信息。
- 只有
mag + flow也能运行骨架、图、截面、截面指标、WSS 和流线。 - 如果输入没有 TKE 所需信息，AutoFlow 会跳过 TKE，不会从速度大小伪造 TKE。
输出文件¶
| 文件 | 内容 | 用途 |
|---|---|---|
summary.json |
阶段耗时和请求标记 | 确认批处理执行了什么 |
quality_report.json |
输入、分割、拓扑、平面、流量一致性和 PWV 检查 | 解释数值前先审阅 |
planes.json / planes.h5 |
截面几何和序列化对象 | 保存、重载和共享截面 |
plane_positions.json |
可移植的截面坐标 | 在另一轮运行中复用 |
plane_metrics.json |
phase 级和汇总截面指标 | 表格和绘图 |
plane_qc.json |
每个截面的 QC | 发现可疑截面 |
pwv.json、PNG |
PWV 组、波形和图 | PWV 分析 |
| NPZ/H5 | WSS、压力、涡旋和其它体数据 | 下游数值分析 |
| MP4/PNG | 动态或静态渲染 | 审阅、汇报和演示 |
所有结果写入 --output-dir。包含多个数据 group 的 H5 会为每个识别到的 case 创建独立目录。